《神枪少女第二季》的故事紧接第一季的结尾。纱织和惠那成功地逃出了组织的控制,并在逃亡过程中遇到了一个名叫沙耶香的少女。沙耶香也是一名神枪少女,但与纱织和惠那不同,她从小就接受了严格的训练,因此她的枪法更加娴熟。三名少女结伴而行,一路逃亡,一路寻找新的生活。
在逃亡过程中,紗織、惠那和沙耶香遇到了许多困难。她们不仅要躲避组织的追捕,还要面对各种各样的危险。但她们凭借着过人的枪法和坚强的意志,一次又一次地化险为夷。在与组织的战斗中,纱織、惠那和沙耶香逐渐成长起来。她们不仅学会了如何使用枪支,还学会了如何与人合作,如何面对困难。她们也逐渐明白,她们并不是孤身一人,还有很多人在支持着她们。
在第二季的最后,紗織、惠那和沙耶香终于找到了一个可以安身立命的地方。她们在这里开始新的生活,并找到了属于自己的幸福。