《X档案第二季》是《X档案》系列的第二季,于1993年9月17日至1994年5月20日期间在福克斯电视台播出。该季由25集组成,每集约45分钟。
第二季的故事继续围绕着福克斯·穆德(大卫·杜楚尼饰)和丹娜·斯库利(吉莲·安德森饰)两位FBI探员展开。他们继续调查X档案,即一些无法用科学解释的超自然现象。在这一季中,穆德和斯库利遇到了许多新的挑战,包括一个外星殖民者阴谋、一个可以控制人思想的装置,以及一个不朽的怪物。
除了上述主要情节线之外,《X档案》第二季还包含了许多独立的故事,这些故事通常与当时流行的文化现象有关,例如克隆、虚拟现实和超能力。这些独立的故事往往都很有趣,而且它们也为观众提供了更多了解穆德和斯库利的机会。