《黑客帝国》以其对哲学、意识、自由意志等思想的探讨而成为一部极具影响力的电影。影片的主题之一是自由意志与决定论的争论。
影片中,莫菲斯告诉尼欧,"勺子不存在",这是一种心理暗示,让人们相信他们所看到的世界是真实的。但事实上,世界是一个由程序组成的虚拟现实,人类只是被机器所奴役的电池。尼欧必须选择是否相信莫菲斯的话,并决定是否要挣脱虚拟现实世界的束缚,获得真正的自由。
《黑客帝国》还探索了人类意识的本质。影片中,当尼欧第一次进入虚拟现实世界时,他发现自己能够以意念控制这个世界的物理规律。这表明,人类的意识不仅仅是一种被动的接受者,它还可以主动地塑造和改变外在世界。