《笔仙》第三季的故事发生在第二季的几年后,女主角小兰已经长大成人,成为了一名大学教授。她仍然对笔仙事件耿耿于怀,并决定再次调查当年发生的事情。在调查过程中,她发现当年笔仙事件的背后隐藏着一个更大的阴谋。
小兰发现,当年笔仙附身的女孩娜娜并不是一个普通的女孩,她是一个拥有特殊能力的灵媒。娜娜能够与灵界沟通,并且能够使用灵力来干预现实世界。然而,娜娜的能力也被一些邪恶势力所觊觎,他们想要利用娜娜的力量来达到自己的目的。
小兰在调查过程中遇到了很多困难,但她并没有放弃。她最终揭开了当年笔仙事件的真相,并打败了那些邪恶势力。然而,她也付出了惨痛的代价,她在调查过程中失去了很多亲人和朋友。